ระหว่างเล่าเรียนที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์นั้น พันธุ์ทิพย์ได้เป็นส่วนหนึ่งของเหตุการณ์ 6 ตุลาฯ และได้เห็นความบาดเจ็บล้มตายของเพื่อน จึงรู้สึกขยาดแขยงการเมือง ไม่ชอบกฎหมายมหาชน และหันไปมุ่งศึกษากฎหมายธุรกิจแทน[1] แต่เมื่อสำเร็จการศึกษาจากประเทศฝรั่งเศสแล้ว ได้รับราชการสอนกฎหมายระหว่างประเทศแผนกคดีบุคคลที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ตั้งแต่ พ.ศ. 2534 และได้พบเห็นรัฐไทยปฏิบัติต่อบุคคลบางกลุ่มอย่างไม่เป็นธรรม โดยเฉพาะด้านสัญชาติและสถานะบุคคลซึ่งเกี่ยวข้องกับกฎหมายที่เธอสอน เป็นต้นว่า ในช่วง พ.ศ. 2534–2536 ชาวเขาจำนวนมากที่ไม่ทราบสัญชาติต้องถูกจับกุม ถูกฟ้องร้อง ทั้งยังถูกปฏิเสธการปฏิบัติและบริการอย่างที่มนุษย์พึงได้รับ เธอจึงเบนความสนใจมาด้านสิทธิมนุษยชนและเคลื่อนไหวด้านนี้เรื่อยมา[1]

ระหว่างที่ดำเนินกิจกรรมด้านสถานะบุคคลนั้น พันธุ์ทิพย์สร้างความเปลี่ยนแปลงในวงการกฎหมายไทยหลายประการ โดยพันธุ์ทิพย์ได้ผลักดันให้เกิดระเบียบสำนักทะเบียนกลาง ว่าด้วยการพิจารณาลงรายการสถานะบุคคลในทะเบียนราษฎรให้แก่บุคคลบนพื้นที่สูง พ.ศ. 2543[4] ทั้งยังทำให้รัฐบาลไทยกำหนดยุทธศาสตร์การจัดการสถานะและสิทธิของบุคคลเมื่อ พ.ศ. 2548 เพื่อแก้ไขความไร้สัญชาติของชาวเขา และเปลี่ยนมุมมองมาแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติสัญชาติ พ.ศ. 2508 เพื่อให้นำหลักสืบสายโลหิต (jus sanguinis) มาใช้ในการให้สัญชาติแก่บุคคลนอกเหนือไปจากหลักดินแดน (jus soli)[4]

ผลประการแรกของการแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติดังกล่าว คือ เปิดให้มีกระบวนการคืนสัญชาติไทยให้แก่บรรดาชาวกะเหรี่ยงอำเภอท่าสองยาง จังหวัดตาก และชาวบ้านอำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่ รวมหนึ่งพันสองร้อยสี่สิบสามคน ซึ่งถูกกรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย เพิกถอนชื่อจากทะเบียนราษฎรโดยอ้างว่า เป็นพม่าพลัดถิ่น แต่การเพิกถอนชื่อเป็นไปโดยขัดต่อกฎหมายและส่อทุจริต[4][5] อย่างไรก็ดี เนื่องจากกรมการปกครองไม่นำพา จึงมีการฟ้องคดีต่อศาลปกครองเชียงใหม่ ศาลปกครองเชียงใหม่พิพากษาเมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2547 ให้กรมการปกครองแพ้คดี กรมการปกครองอุทธรณ์ และศาลปกครองสูงสุดพิพากษายืนเมื่อวันที่ 8 กันยายน พ.ศ. 2548 ส่งผลให้กรมการปกครองต้องตั้งคณะกรรมการเจ็ดชุดเพื่อคืนความเป็นชาวไทยและให้การเยียวยาแก่ผู้เสียหาย[6]

นอกจากนี้ พระราชบัญญัติสัญชาติ พ.ศ. 2508 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมอีกครั้งเมื่อ พ.ศ. 2555 ได้กำหนดให้มีคณะกรรมการรับรองความเป็นคนไทยพลัดถิ่น และวันที่ 3 เมษายน 2555 กระทรวงมหาดไทยได้แต่งตั้งนักวิชาการหลายคน รวมถึงพันธุ์ทิพย์ เป็นกรรมการรับรองความเป็นคนไทยพลัดถิ่น[7] แต่นักวิชาการเหล่านั้นได้พร้อมใจกันโต้แย้งคำสั่งแต่งตั้งเมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2555 เพราะเห็นว่า กระทรวงมหาดไทยขาดความจริงใจในการแก้ไขปัญหา และคำสั่งเป็นไปโดยมิชอบด้วยตัวบทและความมุ่งหมายแห่งกฎหมาย[7] ในโอกาสเดียวกัน พันธุ์ทิพย์ยังได้ลาออกจากความเป็นกรรมการดังกล่าว เนื่องจากกระทรวงมหาดไทยแต่งตั้งเธอในฐานะผู้ทรงคุณวุฒิด้านชาติพันธุ์ ทั้งที่เธอสอนกฎหมายระหว่างประเทศ และไม่มีความรู้เรื่องชาติพันธุ์ เธอจึงเห็นว่า เป็นการบิดเบือนเจตนารมณ์ของพระราชบัญญัติ[7] ในหนังสือลาออก เธอกล่าวว่า[7]

"คำสั่งดังกล่าวได้แต่งตั้งให้ดิฉันทำหน้าที่กรรมการผู้ทรงวุฒิในส่วนที่เกี่ยวกับวิชาการด้านชาติพันธุ์ อันเป็นหัวข้อศึกษาในวิชามานุษยวิทยาและสังคมวิทยา ซึ่งดิฉันเองไม่เคยเรียนหรือทำวิจัยในสาขาวิชาดังกล่าว ดิฉันจึงไม่มีคุณสมบัติเป็นกรรมการผู้ทรงวุฒิที่อาจรับผิดชอบงานวิชาการด้านชาติพันธุ์...ดิฉันเป็นผู้สอนในวิชากฎหมายระหว่างประเทศแผนกคดีบุคคลมากว่าสามสิบปี และการศึกษากฎหมายสัญชาติไทยเป็นหัวข้อที่สำคัญในสาขาวิชานี้ จริยธรรมของผู้สอนกฎหมายก็คือ การเคารพเจตนารมณ์ของกฎหมาย หากผู้สอนกฎหมายเองเป็นบุคคลหนึ่งที่ไม่เคารพเจตนารมณ์ของกฎหมาย ลูกศิษย์ของผู้สอนก็คงไม่มีความเชื่อในความศักดิ์สิทธิของกฎหมายเช่นกัน จึงเป็นจริยธรรมของผู้สอนวิชาชีพกฎหมายที่จะต้องปฏิบัติตามเจตนารมณ์ของกฎหมาย และผลักดันให้มีการบังคับใช้กฎหมายเพื่อสร้างความเป็นธรรมให้แก่มนุษย์ในสังคม"

ปัจจุบัน พันธุ์ทิพย์ดำรงตำแหน่งรองศาสตราจารย์ระดับ 9 ประจำคณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์[3] ทั้งยังดำรงและเคยดำรงตำแหน่งทางด้านสิทธิมนุษยชนในองค์การของรัฐและเอกชน เป็นต้นว่า

• อนุกรรมการด้านสิทธิของกลุ่มชาติพันธุ์ คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ[8]
• กรรมาธิการวิสามัญศึกษาปัญหาและแนวทางแก้ไขการไร้สถานะทางกฎหมายและสิทธิของบุคคลในประเทศไทย สภานิติบัญญัติแห่งชาติ[8]
• กรรมการที่ปรึกษาโครงการคุ้มครองสิทธิเด็กไร้รัฐไร้สัญชาติ[9]
• กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการส่งเสริมการจัดสวัสดิการสังคมแห่งชาติ ตั้งแต่วันที่ 6 มกราคม พ.ศ. 2558[10]